特殊门诊这样办理流程：
1、首次申请须在每季度最后一个月15日以前，备齐申报病种的相关病历资料、一张近期1寸免冠照片；
2、初审医院收组织本院医疗专家诊查并初步鉴定；
3、城镇职工基本医疗保险专家委员会进行集中评审；
4、经市专家委员会评审通过的，当月开始享受基本医疗保险特殊病种门诊待遇。法律依据：《关于开展城镇居民基本医疗保险门诊统筹的指导意见》第六条
探索适合门诊统筹费用控制机制和结算管理的方式。根据门诊就医和医疗费用支出特点，积极探索总额预付或按人头付费等费用结算办法。
充分发挥医疗保险集团购买的优势，采取定服务机构、定服务项目、定考核指标、定结算标准、定支付办法等方式，探索就医、支付、结算一体化的门诊统筹综合管理办法，有效控制门诊医疗费用。